Entre otras muchas enfermedades bacterianas y/o fúngicas, la podredumbre negra de la zanahoria, producida por el hongo Stemphylium radicinum, hace que las hojas se oscurezcan o mueran y destruye la raíz.
A nivel de producción resulta afectada principalmente por enfermedades fúngicas que atacan el follaje, entre las que destacan los géneros Phytophtora y Cercospora. Es una planta muy susceptible al ataque de nematodos Fito parásitos, especialmente la especie Heterodera carotae, que provoca graves pérdidas de calidad por la bifurcación de la raíz (si el ataque se produce a temprana edad) y la aparición de nódulos (si el ataque es tardío).
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